Cette unité d’enseignement a pour objectif de faire découvrir les avancées récentes de la métagénomique, c'est-à-dire de l’étude des communautés microbiennes au sein même des écosystèmes, et ce notamment via le développement du séquençage à haut-débit. L'enseignement sera consacré à la présentation des concepts fondamentaux (de la (méta)génomique, du séquençage à haut-débit) et à la répercussion de ces avancées dans différents domaines de recherche: e.g., évolution (exploration de la biodiversité), écologie (suivi des écosystèmes), médical (détection de pathologie) et biologie moléculaire (organisation du génome et du transcriptome). En pratique, il sera proposé d’effectuer un échantillonnage du microbiome des sols de Sorbonne Université, de générer des données avec un séquenceur de 3ème génération (MinION), puis d’analyser ces données en les replaçant dans un contexte plus global (e.g., Earth Microbiome Project).
Thèmes abordés :
Technologies de séquençage (historique, principes); Technologie Nanopore pour les études des (méta)génomes et des (méta)transcriptomes; Métagénomique et santé; Métagénomique et biodiversité ; Métagénomique et suivi des écosystèmes; Analyses bioinformatiques; Analyses biostatistiques.
Connaissances et compétences attendues :
Les étudiant-e-s devraient acquérir les connaissances théoriques et les compétences nécessaires pour appréhender le travail expérimental lors de stages en laboratoire, notamment dans des industries en biotechnologie qui exigent de bien connaître les bases de biologie moléculaire, de microbiologie, de biostatistiques. Ces connaissances complètent les notions abordées par ailleurs en Microbiologie, Génomique et Ecologie/Environnement.
- Teacher: Marina Bischerour